Dans son rapport annuel 2011, la Cour des comptes s'est aussi penchée sur la contribution aux charges du service public de l’électricité. Inchangée depuis 2004 alors que les charges qu'elle est censée compenser ont augmenté très rapidement depuis 2009, la CSPE est un mécanisme en déséquilibre croissant, avec un déficit de 1,6 milliard d'euros à fin 2009 qui pourrait atteindre 2,6 milliards d'euros fin 2010. Partant, la Cour demande : « est-il justifié de faire reposer une part essentielle du financement du soutien au développement des énergies renouvelables et des autres charges du service public de l’électricité sur le seul consommateur d’électricité ?…

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Au 1er janvier 2011, la CSPE est passée à 7,5 €/MWh, une hausse limitée donc à 3 €/MWh.
Selon Didier Migaud, premier président de la la Cour des comptes, « la CSPE vise à compenser auprès des opérateurs du marché de l’électricité (EDF pour 95 %) leurs charges de service public, c’est-à-dire la péréquation tarifaire dans les départements d’outre-mer et en Corse (50 % du total, 2009), le soutien aux énergies renouvelables et à la cogénération (45 % du total, 2009) et les tarifs sociaux de l’électricité (3,8 % en 2008).
Ces charges sont en augmentation continue. Il est nécessaire de s’attaquer fermement aux facteurs d’augmentation de ces charges : par exemple, le système de l’obligation d’achat des énergies renouvelables fonctionne « à guichet ouvert », à des tarifs trop attractifs. Il faudrait aussi selon la Cour que le principe constitutionnel du consentement à l’impôt soit respecté, c’est-à-dire que le taux de la contribution demandée au consommateur fasse l’objet d’une autorisation périodique et d’un contrôle du Parlement »

Le CLER est immédiatement monté au créneau, surtout que, dans la publication de ses comptes annuels, EDF avait aussi signalé une perte de 968 millions d'euros due au déficit de la compensation par la CSPE sur l'exercice écoulé ainsi qu'une créance globale, à fin 2010, de 2,8 milliards d'euros.

Ainsi, pour le CLER, « le poids des énergies renouvelables dans la dette totale de la CSPE vis-à-vis d'EDF n'est que de 10 à 15%. Le reste, soit plus de 2 milliards, provient de la production d'électricité à partir de sources fossiles et gaz, soit au titre de la péréquation tarifaire, soit au titre de la cogénération.

Le développement des énergies renouvelables a un coût d'amorçage, payé par la CSPE... Leurs atouts du point de vue de l'environnement, de la qualité de vie, de la création d'emploi et de développement des territoires en valent largement la peine. »

L'analyse de la Cour des comptes :La compensation des charges du service public de l’électricité
Le rapport complet de la Cour des comptes : Rapport public annuel 2011